计算机应用工程专业考研科目主要包括政治理论、英语、数学和专业课。政治理论主要考查马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系；英语则侧重于阅读理解、完形填空、翻译和写作；数学一般包括高等数学、线性代数和概率论与数理统计；专业课则根据不同院校可能有所差异，通常包括计算机组成原理、操作系统、数据结构、计算机网络等核心课程。
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