考研专业课试卷在考试结束后，通常应按照以下步骤处理：
1. 集中保管：首先，试卷会被集中保管，确保试卷的安全和保密性。
2. 扫描备份：为了防止试卷丢失或损坏，通常会进行电子扫描，生成试卷的电子版，以便后续的评卷和存档。
3. 评卷工作：电子版试卷会用于评卷，确保评卷的客观性和准确性。
4. 销毁原卷：评卷结束后，原试卷会被按照规定程序销毁，以保护考生隐私和试卷的保密性。
5. 存档备份：电子版试卷会进行备份，并存档于安全的地方，以备后续的查询和审核。
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