南通大学电气工程及其自动化专业考研科目主要包括以下几门：
1. 政治理论：考察学生的马克思主义基本原理、毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系等。
2. 英语：测试学生的英语阅读、写作、翻译和听力能力。
3. 数学：涵盖高等数学、线性代数、概率论与数理统计等内容。
4. 专业课：根据南通大学电气工程及其自动化专业的培养要求，专业课可能包括电力系统分析、电机学、自动控制原理等。
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