在职土木水利考研，选择专业时，应综合考虑以下几个方面：
1. 就业前景：优先选择就业前景广阔、市场需求旺盛的专业，如道路与桥梁工程、水利工程等。
2. 院校实力：选择师资力量雄厚、科研水平较高的院校，如清华大学、同济大学等。
3. 专业特色：关注院校在土木水利领域的特色研究方向，如智能建造、绿色建筑等。
4. 课程设置：课程设置合理、理论与实践相结合的专业更有利于在职人员提升。
综合以上因素，以下院校及专业推荐：
- 清华大学：土木工程、水利工程
- 同济大学：土木工程、水利工程
- 东南大学：土木工程、水利工程
- 华北水利水电大学：水利工程
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